北京中医药大学拥有众多重点学科，具体如下：

国家级重点学科：

一级学科国家重点学科：中医学、中药学。

二级学科国家重点学科：中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医内科学、中医临床基础、中医医史文献、针灸推拿学、中医外科学、中医妇科学、中医骨伤科学、中医儿科学、中医五官科学、民族医药、中西医结合基础、中药学。

国家中医药管理局重点学科：共 48 个，例如伤寒学、中医基础理论、中医脑病学、中西医结合基础、中药化学、中药分析学、临床中药学、针灸学等。

北京市重点学科：

一级学科北京市重点学科：中西医结合、护理学。

二级学科北京市重点学科：中医临床基础、中医医史文献、中医外科学、中医药管理学、中西医结合临床、中医人文学、中西医结合基础、护理学。

北京高校高精尖学科：中医生命科学、系统中药学。