北京中医药大学有多个科研基地，以下是一些主要的：

国家中医药管理局中药炮制技术传承基地（校本部）：以北京中医药大学中药炮制研究中心、中药炮制系、张世臣教授工作室、中药品质评价北京市重点实验室等为依托，于2022年经国家中医药管理局批准建立。拥有一支高学历、多学科交叉的专业人才队伍，承担了多项科研课题，在中药炮制技术传承、研究和人才培养方面发挥着重要作用。

教育部中药材规范化生产工程研究中心：是学校重要的科研平台之一，致力于中药材规范化生产相关技术的研究与开发，对于提高中药材的质量和产量，推动中药产业的发展具有重要意义。

教育部中药制药与新药开发工程研究中心：主要开展中药制药技术和新药开发方面的研究，为中药制药行业提供技术支持和创新动力。

北京市中药基础与新药研究重点实验室：聚焦中药基础理论和新药研发，在中药的作用机制、药效物质基础等方面开展深入研究，为中药新药的研发提供理论支持和技术支撑。

中药品质评价北京市重点实验室：专注于中药品质评价方法和技术的研究，建立科学、准确的中药品质评价体系，保障中药的质量和安全。

国家中医药管理局中药信息工程重点研究室：利用信息技术开展中药相关研究，包括中药信息的采集、分析、管理等，为中药的现代化研究提供信息支持。

国家中医药管理局中药经典名方有效物质发现重点研究室：主要研究中药经典名方中的有效物质，探索其作用机制和临床应用，为经典名方的传承和创新提供科学依据。

此外，北京中医药大学还与其他医疗机构、企业等合作建立了一些科研基地，如与东直门医院、第三附属医院等医疗机构联合开展科研项目。这些科研基地为北京中医药大学的科研工作提供了重要的平台和支持，对于推动中医药的发展具有重要意义。